Muchy domowe mogą przenosić pasożyty jelitowe lub ich jaja oraz są potencjalnymi nosicielami chorób, takich jak czerwonka, grypa żołądkowa, dur brzuszny, cholera i gruźlica. Nie są wybredne: odwiedzają i żerują na każdym rodzaju dającego się rozpuścić stałego pokarmu, którym może być zarówno wilgotna, gnijąca materia, jak i żywność przeznaczona dla ludzi. Muchy rozpuszczają pokarm, zwracając nań treść żołądkową wraz z sokami trawiennymi. „Płyn” ten jest następnie pobierany za pomocą ssących elementów aparatu gębowego. W ten sposób owad pobiera organizmy patogenne, które mogą być rozprzestrzeniane podczas kontaktu z innymi powierzchniami lub mogą ulegać przenikaniu przez układ pokarmowy w jego ciele. Musze kropki, powstające w trakcie żerowania lub defekacji, skutkują dyskwalifikacją jakościową produktów rolnych, np. jaj. Ponadto muchy często są powodem skarg sąsiedzkich do władz sanitarnych i poważnych konsekwencji, gdy inwazje tych owadów rozprzestrzeniają się poza typowe miejsca ich żerowania, takie jak wysypiska i budynki gospodarcze.